Kế toán có nộp tờ khai thuế GTGT tháng 6/2025 vãng lai nhưng lại không để ý tờ khai bị cơ quan thuế từ chối

Với nội dung: Em cho chị hỏi, ngày 18/7 kế toán có nộp tờ khai thuế GTGT tháng 6/2025 vãng lai nhưng lại không để ý tờ khai bị cơ quan thuế từ chối như hình chị gởi. Đến hôm nay thì kế toán mới phát hiện tờ khai thuế GTGT vãng lai tháng 6/2025 đó đã bị từ chối và giờ bên chị nộp lại tờ khai thuế tháng 6/2025 thì sẽ bị áp mức phạt nào và có thể bị áp mức phạt cảnh cáo hay phạt hành chính trong trường hợp nào không em?
Tại Khoản 1 Điều 44 Luật Quản lý thuế 2019 quy định:
Điều 44. Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế
1. Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế đối với loại thuế khai theo tháng, theo quý được quy định như sau:
a) Chậm nhất là ngày thứ 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế đối với trường hợp khai và nộp theo tháng;
b) Chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu của quý tiếp theo quý phát sinh nghĩa vụ thuế đối với trường hợp khai và nộp theo quý.
...
Tại Khoản 1 Điều 8 Nghị định 126/2020/NĐ-CP quy định:
Điều 8. Các loại thuế khai theo tháng, khai theo quý, khai theo năm, khai theo từng lần phát sinh nghĩa vụ thuế và khai quyết toán thuế
1. Các loại thuế, khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước do cơ quan quản lý thuế quản lý thu thuộc loại khai theo tháng, bao gồm:
a) Thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân. Trường hợp người nộp thuế đáp ứng các tiêu chí theo quy định tại Điều 9 Nghị định này thì được lựa chọn khai theo quý.
…
=>> Theo đó, thời hạn nộp tờ khai thuế GTGT theo tháng là ngày thứ 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế nên hạn nộp tờ khai thuế GTGT tháng 6/2025 chậm nhất là ngày 20/7/2025.
Tuy nhiên, do ngày 20/7/2025 rơi vào ngày nghỉ nên sẽ được dời sang ngày làm việc tiếp theo theo quy định tại Điều 86 Thông tư 80/2021/TT-BTC, tức thời hạn nộp tờ khai kỳ tháng 6/2025 chậm nhất vào ngày 21/7/2025.
Mà theo thông tin Chị cung cấp thì đến cuối tháng 10/2025, Chị mới nộp tờ khai thuế GTGT thì có thể bị xử phạt VPHC về hành vi vi phạm về thời hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định tại Nghị định 125/2020/NĐ-CP như sau:
Điều 2. Giải thích từ ngữ
Trong xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn các từ ngữ dưới đây được hiểu như sau:
...
6. Ngày bắt đầu tính quá thời hạn tại Điều 10, 11, 13, 14 và 19 Nghị định này là ngày đầu tiên sau ngày kết thúc thời hạn phải thực hiện trách nhiệm, nghĩa vụ của tổ chức, cá nhân theo quy định của pháp luật về quản lý thuế. Trường hợp được gia hạn, ngày bắt đầu tính quá thời hạn là ngày đầu tiên sau ngày kết thúc thời hạn gia hạn.
...
Điều 7. Hình thức xử phạt, biện pháp khắc phục hậu quả và nguyên tắc áp dụng mức phạt tiền khi xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn
...
4. Nguyên tắc áp dụng mức phạt tiền
a) Mức phạt tiền quy định tại Điều 10, 11, 12, 13, 14, 15, khoản 1, 2 Điều 19 và Chương III Nghị định này là mức phạt tiền áp dụng đối với tổ chức.
...
Điều 13. Xử phạt hành vi vi phạm về thời hạn nộp hồ sơ khai thuế
1. Phạt cảnh cáo đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn từ 01 ngày đến 05 ngày và có tình tiết giảm nhẹ.
2. Phạt tiền từ 2.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn từ 01 ngày đến 30 ngày, trừ trường hợp quy định tại khoản 1 Điều này.
3. Phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn quy định từ 31 ngày đến 60 ngày.
4. Phạt tiền từ 8.000.000 đồng đến 15.000.000 đồng đối với một trong các hành vi sau đây:
a) Nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn quy định từ 61 ngày đến 90 ngày;
b) Nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn quy định từ 91 ngày trở lên nhưng không phát sinh số thuế phải nộp;
...
5. Phạt tiền từ 15.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn trên 90 ngày kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế, có phát sinh số thuế phải nộp và người nộp thuế đã nộp đủ số tiền thuế, tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế hoặc trước thời điểm cơ quan thuế lập biên bản về hành vi chậm nộp hồ sơ khai thuế theo quy định tại khoản 11 Điều 143 Luật Quản lý thuế.
Trường hợp số tiền phạt nếu áp dụng theo khoản này lớn hơn số tiền thuế phát sinh trên hồ sơ khai thuế thì số tiền phạt tối đa đối với trường hợp này bằng số tiền thuế phát sinh phải nộp trên hồ sơ khai thuế nhưng không thấp hơn mức trung bình của khung phạt tiền quy định tại khoản 4 Điều này.
6. Biện pháp khắc phục hậu quả:
a) Buộc nộp đủ số tiền chậm nộp tiền thuế vào ngân sách nhà nước đối với hành vi vi phạm quy định tại các khoản 1, 2, 3, 4 và 5 Điều này trong trường hợp người nộp thuế chậm nộp hồ sơ khai thuế dẫn đến chậm nộp tiền thuế;
b) Buộc nộp hồ sơ khai thuế, phụ lục kèm theo hồ sơ khai thuế đối với hành vi quy định tại điểm c, d khoản 4 Điều này.
Theo đó, ngày bắt đầu tính quá thời hạn là ngày đầu tiên sau ngày kết thúc thời hạn, tức tính từ ngày 22/7/2025 mà đến ngày 30/10/2025 đã vượt quá 90 ngày.
=>> Do đó, đối với trường hợp công ty Chị thuộc trường hợp khai thuế GTGT theo tháng thì hành vi chậm nộp tờ khai thuế GTGT tháng 6/2025 sẽ bị xử phạt VPHC với mức phạt tiền từ:
- từ 8.000.000 đồng đến 15.000.000 đồng nếu việc chậm nộp tờ khai thuế GTGT tháng 6/2025 nhưng không phát sinh số thuế phải nộp;
- Hoặc từ 15.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn trên 90 ngày kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế, có phát sinh số thuế phải nộp và người nộp thuế đã nộp đủ số tiền thuế, tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế hoặc trước thời điểm cơ quan thuế lập biên bản về hành vi chậm nộp hồ sơ khai thuế theo quy định tại khoản 11 Điều 143 Luật Quản lý thuế 2019. 
Và bị áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả là buộc nộp đủ số tiền chậm nộp tiền thuế vào ngân sách nhà nước.
Chị lưu ý thêm: Nếu công ty Chị nộp tờ khai thuế GTGT theo quý thì tờ khai thuế GTGT tháng 6 thuộc quý 2 năm 2025, có thời hạn nộp tờ khai quý 2 năm 2025 chậm nhất vào ngày 31/7/2025. Ngày bắt đầu tính quá thời hạn là ngày đầu tiên sau ngày kết thúc thời hạn, tức tính từ ngày 1/8/2025 mà đến ngày 31/10/2025 đã vượt quá 90 ngày nên mức phạt tương ứng với mức phạt nêu trên ạ.
=>> Đề nghị Chị căn cứ vào thời gian nộp tờ khai thuế GTGT của công ty để xác định đúng số ngày chậm nộp để xác định mức phạt phù hợp.